บริเวณป่าต้นน้ำลำธาร ขาดการดูแลรักษา ซึ่งเป็นสถานที่พักผ่อนหย่อนใจ และมีการลักลอบตัดไม้ไปใช้สอย หากปล่อยทิ้งไว้บริเวณป่าต้นน้ำลำธารก็จะถูกทำลายลงไป ทั้งนี้พื้นที่ดังกล่าว อยู่ในเขตของศูนย์พัฒนาสงเคราะห์ชาวเขา กรมประชาสงเคราะห์ จึงน่าจะได้มีการพิจารณาอีกครั้งเกี่ยวกับอาณาเขตของศูนย์พัฒนาสงเคราะห์ชาว เขา กรมป่าไม้ถึงมีหนังสือที่ กส.0808/1114 ลงวันที่ 14 เมษายน 2521 แจ้งให้ป่าไม้เขตนครสวรรค์ตรวจสอบได้รับรายงานตามหนังสือที่ กส. 0809 / 1596 ลงวันที่ 27 เมษายน 2521 ว่าได้ทำการสำรวจสภาพพื้นที่บริเวณน้ำตกคลองลานไว้แล้ว เพื่อจะขออนุมัติกรมป่าไม้จัดตั้งเป็นวนอุทยาน เพราะเห็นว่ามีทิวทัศน์สวยงาม เป็นที่พักผ่อนหย่อนใจของประชาชน ซึ่งน้ำตกคลองลานอยู่ในพื้นที่ที่สงวนไว้เป็นพื้นที่ป่าไม้ร้อยละ 40 ของพื้นที่ศูนย์พัฒนาสงเคราะห์ชาวเขา ป่าไม้เขตนครสวรรค์จึงได้ประสานงานกับจังหวัดกำแพงเพชร ดำเนินการขอกรมประชาสงเคราะห์ใช้พื้นที่บริเวณน้ำตกคลองลานจำนวน 5,000 ไร่ ที่อยู่ในพื้นที่สงวนไว้เป็นพื้นที่ป่าไม้ร้อยละ 40 เพื่อจัดเป็นวนอุทยาน ซึ่งกรมประชาสงเคราะห์ไม่ขัดข้อง จังหวัดกำแพงเพชร จึงมีหนังสือ มท.0714/13/13438 ลงวันที่ 31 สิงหาคม 2521 แจ้งให้กรมป่าไม้ดำเนินการจัดตั้งวนอุทยานเพื่อสงวนป่าต้นน้ำลำธารแห่งนี้

กองอุทยานแห่งชาติ กรมป่าไม้ได้มีคำสั่งที่ 192/2523 ลงวันที่ 28 มกราคม 2523 ให้นายปรีชา จันทร์ศิริตานนท์ นักวิชาการป่าไม้ 4 ไปสำรวจและจัดพื้นที่บริเวณป่าคลองลาน จังหวัดกำแพงเพชร เป็นอุทยานแห่งชาติ ปรากฏว่าพื้นที่ดังกล่าวมีสภาพป่า ทั้งไม้สักและไม้กระยาเลยสมบูรณ์มาก เป็นภูเขาสูง มีธรรมชาติสวนงาม เป็นป่าต้นน้ำลำธาร เหมาะสมที่จะจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ กองอุทยานแห่งชาติ กรมป่าไม้ ได้นำเสนอคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ มีมติในที่ประชุมครั้งที่ 1/2552 เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2552 เห็นควรให้ออกพระราชกฤษฎีกากำหนดพื้นที่ป่าคลองลานเป็นอุทยานแห่งชาติ โดยได้มีพระราชกฤษีกากำหนดบริเวณที่ดินป่าคลองลาน ตำบลโป่งน้ำร้อน ตำบลคลองลาน และอำเภอคลองลานพัฒนา กิ่งอำเภอคลองลาน อำเภอเมือง จังหวัดกำแพงเพชร ให้เป็นอุทยานแห่งชาติพ.ศ. 2525 เป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 44 ของประเทศ